عامل بیماری آنتراکنوز پیاز یا لکه سیاه روی پیازهای بالغ لکه‌هایی ایجاد می‌کند. این بیماری همچنین روی پیاز ها ایجاد آلودگی کرده و سبب کاهش بازار پسندی و عمر انبارداری پیاز می گردد.

عامل بیماری زنگ پیاز Puccinia allii است که در اغلب نواحی گرم و خنک قادر به فعالیت است و سبب کاهش قابل توجه در عملکرد محصولات می‌گردد.

معمولا در بیماری سیاهک پیاز گیاهان آلوده 6 هفته بعد از ظهور علایم از بین می‌روند. وجود لکه‌های سیاه رنگ بر روی برگها در نواحی طوقه گیاه ظاهر می‌شود.

مهم‌ترین عامل بیماری پوسیدگی ریشه و طبق پیاز در درجه اول Fusarium oxysporum f.sp cepae و بعد از آن F. Solani است. عامل بیماری می‌تواند توسط جابجایی خاک آلوده، آبیاری و ادوات کشاورزی منتقل می شود.

بیماری پوسیدگی خاکستری پیاز یکی از خطرناک‌ترین بیماریهای پیاز است که در اکثر نقاط جهان، در مزرعه و یا در زمان برداشت، حمل و نقل و انبارداری به پیاز و سیر حمله کرده و خسارت می‌رساند.

عامل بیماری ریشه سرخی پیاز قارچ Pyrenochaeta terrestris) Phoma terrestris) می‌باشد. این قارچ بصورت مستقیم بدون نیاز به زخم یا بریدگی به درون ریشه‌های پیاز نفوذ می‌کند. در سراسر جهان در خاک یافت می شود و تا عمق 45 سانتی متری خاک نفوذ می کند.